培養基中的氧氣濃度可能改變菌體的代謝途徑是眾所皆知的，但對菌體形態似乎影響不大，如在P.chrysugenum 批式培養過程中溶氧由12 提升到300m Hg 時，菌體形態并無顯著變化(van Suijdam and Mcts , 1981) 。類似情形在A.awamor (Cui et. al. 1998) 培養過程中亦可發現，其平均菌絲長度與平均菌絲分支程度皆與溶氧無關。反倒是對于發酵液的流變性質有顯著的影響：在較高的溶氧條件下，氧氣濃度會影響菌絲的張力和可塑性，Zetelaki 和Vas (1968) 指出在高溶氧培養下，A. niger 菌絲細胞壁會比較薄。氧氣濃度對于菌體形態影響的研究，出現在以Mortiella alpina 生產arachidonic acid （Higashiyama et al.,1999 ）利用改變氣體組成（Oxygen rich 25-90% 純氧）或是增加發酵槽槽壓（Pressurization 180 -380kPa ）使溶氧維持在高于7ppm 。在溶氧于10-15 ppm 時arachidonic acid 提升1.6 倍。當溶氧使用Oxygen rich 提高至20-50ppm 菌體形態由絲狀轉變成菌絲球狀，并且產物濃度快速下降。相對的以加壓方式控制溶氧至相同條件，菌體形態并無改變。

二氧化碳濃度

二氧化碳是好氣性菌體行呼吸作用的代謝產物，在某些特定的微生物培養，甚至需額外通入二氧化碳刺激菌體生長。二氧化碳固定化作用是某些商業化絲狀真菌生產有機酸的主要機制，研究顯示：二氧化碳濃度會影響菌絲體的形態，McIntyre and McNeil （1997 ）發現進氣中的二氧化碳如超過3% (v /v) ，將不利A. niger 與檸檬酸生產且基質利用率變差，有趣的是菌體的平均長度卻是增加。在批式發酵槽中較低的二氧化碳濃度（3~5% v/v ）會提升P. chrysogenum 菌絲分支程度，進一步提高二氧化碳濃度到15~20% 飽和濃度，菌絲呈現膨脹，生長緩慢，并有菌絲球生成。發酵液中的二氧化碳會刺激菌絲頂端及頂端下方細胞壁中的幾丁質合成，因而增進菌體分支及產生可塑性的真菌細胞壁，故在高二氧化碳環境下，常出現不規則的菌體形態

 

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培養基pH 值

培養基的pH 也是影響菌體形態的因子之一。Kobayashi 和Suzuki(1972) 指出，M. verrucuria 在pH=5 的培養基中以菌絲球形態出現，在pH=8 以絲狀菌絲形態出現。Du 等人(1998) 培養R. oryzae 當添加CaCO 3 ，，使培養基pH=5.5 形成菌絲球，而缺乏CaCO 3 培養基pH=2.0 時則生成絲狀菌絲。相反的，Carlsen 等人(1997) 進行A. oryzae 培養生產α-amylase 發現，當培養基pH 值高于5 時，孢子凝聚現象發生，因而導致菌絲球形態發生，而當pH 值在3.5 以下孢子的分散性良好，所產生的是絲狀菌絲。

Pirt 和Callow(l959) 發現P. chrysogenum 在chemostat 下培養隨著pH 值增加(6.0~7.4) ，菌絲的直徑及分支程度皆提升，但相同的試驗在批式系統下操作，pH 值對菌體形態并無影響。另外，Miles 和Trinci(1983) 也在chemostat 下進行類似的試驗，卻得到相反的結果。這可能是兩組試驗的菌種、培養方式或pH 值控制不同造成的差異，或者pH 對菌體形態的影響是各種因子交互作用的結果。此外菌體細胞壁和平均菌絲長度，對于pH 值是較敏感的。培養基pH 對于真菌形態的影響明顯的是A.diospyri (Read and Seviour,1984) ，在連續式培養操作下，當pH=3 菌絲形態呈現多種短、厚的菌絲片段，pH=6 開始有分叉的菌絲生成，而當pH=9 則出現細長型無分支菌絲。Wiebe 等人